Zbirke sakralnih umjetnina, koja se nalazi se na Trgu pape Ivana Pavla II., čuva dragocjenu slikarsku i pisanu baštinu iz trogirskih i čiovskih crkava, djela Blaža Jurjeva Trogiranina, Quirizia da Murana, Gentile Bellinija itd. Do nje u zatvorenom dvorištu ostaci su šesterolisne crkve Sv. Marije iz 9. st. U neposrednoj blizini polovicom 15. stoljeća podignuta je zavjetna crkva sv. Sebastijana za spas od kuge koja umjesto zvonika ima toranj gradskog sata, a danas je spomen prostor poginulima u Domovinskom ratu.

Ovdje se čuva reljef s prikazom Kairosa, božanstva sretnog trenutka, IV./III. st. pr. Krista, te najstarija trogirska svetačka slika – Bogorodica s djetetom iz XIII. stoljeća. Crkva Sv. Nikole sastavni je dio jedinog sačuvanog ženskog benediktinskog samostana. Nastala je na temeljima starijih crkvica te južnih vrata antičkog grada sa stilskim obilježjima od romanike do baroka.